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In einem geheimen Zusatzprotokoll zum sogenannten „Brotfrieden“ von Brest-Litowsk gestand Wien, auch auf Wilhelms Betreiben, dem ukrainischen Ostgalizien eine Autonomie zu. Eine Vereinigung mit der neuen Ukrainischen Volksrepublik zu einem Fürstentum unter seiner Herrschaft schien möglich.[16] Durch die deutsche Besetzung der Ukraine und die Ersetzung der Regierung durch den Hetman Pawlo Skoropadskyj lief Wien Gefahr, wieder einmal ins Hintertreffen zu geraten. Daraufhin schuf Kaiser Karl die Spezialeinheit „Kampfgruppe Erzherzog Wilhelm“ mit etwa 4000 Soldaten. Dazu gehörte die Ukrainische Legion, die aus galizischen ukrainischen Rekruten bestand und in Anknüpfung an die Tradition der Kosaken bald in Ukrainische Sitschower Schützen (Ukraïnski sichovi stril'tsi) umbenannt wurde. Sie operierte während der Besetzung der Ukraine durch die Mittelmächte 1918 im Süden des Landes. Wilhelm erhielt auch politisch große Handlungsfreiheit.[17]
Das Deutsche Reich verdächtigte dann auch die Habsburger, eine Kandidatur Erzherzog Wilhelms für den ukrainischen Thron, eventuell sogar bei Zusammenfassung der Ukraine mit Ostgalizien und der nördlichen Bukowina, anzustreben. Die Vormachtstellung der Deutschen in Cisleithanien und die inneren Verhältnisse in der Ukraine ließen die Pläne des Erzherzogs aber kaum aussichtsreich erscheinen, sodass er im Mai 1918 aufgab.