Von 1979 bis 1994 war Nešković Mitglied der SPD, über zwölf Jahre Landesvorsitzender der Arbeitsgemeinschaft sozialdemokratischer Juristen und Mitglied des SPD-Landesvorstandes in Schleswig-Holstein.
1995 wurde er Mitglied von Bündnis 90/Die Grünen und war von 1995 bis 1999 Landesvorsitzender der Landesarbeitsgemeinschaft Demokratie und Recht. 2000 sollte er wegen kritischer Äußerungen aus der Partei ausgeschlossen werden. Hintergrund war seine Aussage, wer grüne Ideen wählen wolle, dürfe nicht grün wählen. Zudem bezeichnete er im Zusammenhang mit dem Kosovokrieg Joschka Fischer als Außenminister als nicht mehr tragbar. Das Verfahren wurde mit einem Vergleich beendet.
2005 trat Nešković bei den Grünen aus und errang für Die Linke bei der Bundestagswahl über die brandenburgische Parteiliste einen Sitz im Bundestag; bei der Bundestagswahl 2009 gewann er für dieselbe Partei ein Direktmandat im Wahlkreis Cottbus – Spree-Neiße.