Die zur Vorbeugung von Infektionskrankheiten empfohlenen Schutzimpfungen gelangten erst nach und nach zum Einsatz. Die Impfung der Truppen gegen Dysenterie bzw. Ruhr, eine schwerwiegende Darmerkrankung, die sich vor allem in Südungarn, Serbien, Bosnien, aber auch Galizien und Russland weit verbreitete, wurde erst im zweiten Kriegsjahr durchgeführt. Bis dahin waren bereits 120.000 Soldaten an Ruhr erkrankt, 5.000 davon tödlich. Auch im Falle der Choleraimpfung verhielt sich das Kriegsministerium zunächst zurückhaltend und verhinderte die Ausgabe des Impfstoffes mit dem Argument, dass dadurch die Kampfkraft der Armee gefährdet sei. In den ersten drei Kriegsjahren starben insgesamt 16.266 Soldaten an Cholera, die hauptsächlich in Galizien, Russisch-Polen, aber auch in Bosnien-Herzegowina auftrat. Nach der Zulassung des Impfstoffes durch das Ministerium verringerte sich die Sterblichkeitsrate erheblich.
Auch die Typhus-Impfung wurde vom Generalstabschef zunächst verboten, da sie mit schweren Reaktionen verbunden war und die Geimpften unter ärztliche Beobachtung gestellt werden mussten. Zu Beginn des zweiten Kriegsjahres wurde die Impfung für die Armee zugelassen, sie erfreute sich bei den Mannschaften jedoch nur geringer Beliebtheit. Die Bekämpfung der Pocken bzw. Blattern, die hauptsächlich an der Ost- bzw. Nordostfront auftraten, war aufgrund der gezielten Impfungen der Truppen relativ erfolgreich. Auch Fleckfieber, als dessen Überträgerin die Kleiderlaus identifiziert wurde und von dem vor allem die serbische Armee sowie die österreichischen Gefangenen betroffen waren, konnte mittels gezielter Entlausungsaktionen schließlich eingedämmt werden.