Moussaoui berichtete erstmals öffentlich, dass er von dem Anführer des Terrornetzwerks Al Kaida, Osama bin Laden, persönlich den Auftrag erhalten habe, ein gekapertes Großraumflugzeug vom Typ Boeing-747 ins Weiße Haus in Washington zu steuern. Unklar blieb, wann dies geschehen sollte.
Moussaoui ist angeklagt, mit der Führung von Al Kaida und den Selbstmordattentätern, die am 11. September 2001 Verkehrsflugzeuge gegen die Wolkenkratzer des World Trade Centers in New York und gegen das US-Verteidigungsministerium in Washington steuerten, zusammengearbeitet zu haben, um Verderben über Amerikaner zu bringen. Richterin Brinkema las ihm die sechs Anklagepunkte vor, und bei jedem bekannte sich Moussaoui schuldig.
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