Die soziale Akzeptanz von Intersexuellen und Intersexualität reicht von der Verehrung bis zur Tötung intersexueller Menschen. In den westlichen Kulturen der Neuzeit wurde (und wird teilweise noch) angenommen, dass es wissenschaftlich möglich sei, das wirkliche Geschlecht eines jeden Menschen zu bestimmen. Gleichfalls wurde angenommen, dass es im Interesse des Intersexuellen sei, die körperlichen Gegebenheiten diesem "wirklichen" Geschlecht anzupassen.
Kritiker von Seiten der Intersexuellen wenden hingegen ein, dass die Festlegung, welches Geschlecht denn nun das wirkliche sei, häufig unmöglich sei, auf jeden Fall aber immer subjektiv. Außerdem sei diese häufig eher von praktischer Machbarkeit bestimmt gewesen als von anderen Faktoren. ("Es ist einfacher, ein Loch zu machen als einen Pfahl zu bauen.") Weiterhin wurde, da die entsprechenden medizinischen Eingriffe (siehe geschlechtsangleichende Operation) fast immer im Säuglings- und Kleinkindalter vorgenommen wurden, der für die Betreffenden wichtigste Faktor, das Identitätsgeschlecht, nicht berücksichtigt.
Unbestritten ist auf jeden Fall, dass sich viele dieser Zuweisungen als falsch herausgestellt haben, und dass viele Intersexuelle nicht nur körperliche Schäden aufgrund der Eingriffe davongetragen haben (z.B. wenn eine "zu große" Klitoris so verkleinert wurde, dass die Sensibilität verloren ging), sondern vor allem auch psychische Schäden durch den - im Gegensatz zur Erziehung nicht intersexueller Kinder bewusst und besonders stark ausgeübten - Druck, sich dem zugewiesenen Geschlecht entsprechend zu verhalten, häufigen Untersuchungen, und dem routinemäßigen Verschweigen der Diagnose.
Aufgrund dieser Proteste haben sich bereits erste Anzeichen für eine Änderung dieser Praxis gezeigt.
Viele Intersexuelle argumentieren daher häufig (zusammen mit Transgendern) auch, dass die westliche Vorstellung von genau zwei sauber unterscheidbaren Geschlechtern (siehe Heteronormativität) falsch ist.