Er studierte an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel Ökonomie und legte hier 1992 sein Vordiplom ab. Im Anschluss führte er sein Studium an der Universität Oxford fort und erhielt dort 1994 mit seiner Arbeit Moral philosophy and political philosophy, intern’l economics den Titel B.A. in Philosophy, Politics, and Economics (PPE). Den Master of Public Policy erlangte Marcel Fratzscher 1996 an der Harvard University, John F. Kennedy School of Government, in Cambridge (USA). Am European University Institute in Florenz erhielt Marcel Fratzscher im Jahr 2002 den akademischen Grad Ph.D. im Bereich Ökonomie.