Du setzt Religion und Kirche gleich. Gerade bei Newton ging das überhaupt nicht zusammen. Wikipedia schreibt:
Glaube, Wissenschaft und selbstständiges Denken allgemein scheinen ausgesprochen gut zusammenzupassen. Dass das mit der Goldherstellung nicht funktionieren kann, war damals noch unbekannt; man wusste nur rein empirisch, dass es noch nie geklappt hatte, aber die Ursachen erkannte man erst zwei Jahrhunderte später.In der Theologie lehnte Newton die Trinitätslehre ab, vertrat also eine antitrinitarische (fachsprachlich: unitarische) Ansicht. Diese Haltung war auf seinem Posten als Fellow/Professor in Cambridge nicht ungefährlich (sein Protégé und Nachfolger William Whiston wurde 1710 unter ebendieser Beschuldigung entlassen). Er beschuldigte Athanasius, mit seinem Trinitätsdogma die christliche Lehre verdorben zu haben (“Athanasius’ corruption of doctrine”), worauf bald danach die allgemeine Korruption des Christentums gefolgt sei: “a universal corruption of Christianity had followed the central corruption of doctrine”. Seine diesbezüglichen Schriften (darunter Observations Upon the Prophecies of Daniel and the Apocalypse of St. John) konnten nur postum veröffentlicht werden.